一、项目编号：JTZB（2024）064号（招标文件编号：JTZB（2024）064号）
二、项目名称：2024年国家致病菌识别网监测工作中基因测序及分析外包服务采购项目（第三次）
三、中标（成交）信息
供应商名称：天津诺禾医学检验所有限公司
供应商地址：天津市武清开发区创业总部基地BO7号楼
中标（成交）金额：9.2520000（万元）
四、主要标的信息

序号	供应商名称	服务名称	服务范围	服务要求	服务时间	服务标准
1	天津诺禾医学检验所有限公司	2024年国家致病菌识别网监测工作中基因测序及分析外包服务采购项目（第三次）	宏基因组测序、全基因组测序	一、宏基因组测序技术参数 1、样品接收：我单位提供菌株样品，供应商负责样品运输，根据客户需求实时收取样品。指定的物流公司必须具备运输感染性物品的资质；运输过程中造成的损失、污染、生物危害相关等问题，后果均由供应商承担。运输费用由供应商承担。可接收环境、动/植物来源、食物和人源等多种类型样本，根据样本特征完成样本处理、宏基因组测序及数据质控。 技术平台和交付标准： a）测序周期≤15个工作日，特殊加急情况下≤10个工作日。 b）单个样品产生的平均原始数据不应低于6 G，可交付原始数据、高质量数据和物种组成分析报告等内容。 c）原始数据中，碱基数据质量值Q30比例≥85%。 2、可提供上门取样服务，自样本收到日起，3个工作日内反馈样本质量检测报告。 3、针对原始数据≥10G的宏基因组测序，可免费提供基因组组装，基因预测、去冗余，基因丰度统计，物种注释及统计，功能注释及统计，功能丰度统计，代谢通路比较分析，抗性基因注释等生信分析服务，并提供报告解读。 4、拥有专业测序分析团队，相关人员有多年从事病原体测序工作经验，可有偿提针对客户提出的特殊生信分析需求提供个性化分析服务 二、全基因组测序技术参数： 1、样品接收：我单位提供菌株样品，供应商负责样品运输，根据客户需求实时收取样品。指定的物流公司必须具备运输感染性物品的资质；运输过程中造成的损失、污染、生物危害相关等问题，后果均由供应商承担。运输费用由供应商承担。 2、检测设备技术： 2.1准确度：数据准确度需Q30（99.9%）>85%。 2.2覆盖度：碱基类型分布均匀，无GC分离；平均覆盖度 99.5%以上，单碱基错误率低于十万分之一。 3、数据要求： 3.1交付数据包括原始数据（rawdata和cleandata，数据格式为fastq）和拼接后数据（数据格式为fasta）。 3.2原始数据量（碱基数）≥1.5G，Q20高质量数据量（Clean data）≥1G，碱基数据质量值Q30比例≥85%。 3.3覆盖度：碱基类型分布均匀，无GC分离；基因组10×覆盖度≥95%，基因区覆盖度≥98%，平均覆盖深度≥100×。 3.4下机数据能满足上传国家网络需求。 4、质控要求： 4.1每批样品收到后立即开始质量检测，使用Agilent、Qubit或NanoDrop进行样品浓度检测，电泳方法进行样品完整性检测，自样品收到之日起，于3日内提供样品质量检测报告。 4.2样品质量检测结果：浓度不低于5ng/ul、总量不低于100ng，无严重RNA污染、无明显降解的样品，均为合格样品，非特殊情况，不得要求重新送样。 4.3文库长度250~350bp，构建好的文库使用Agilent和Qubit进行质量和产量的检测。 4.4下机数据的质控：正常PF比例：DNA ≥85% ； Q20≥95% ；小片段文库clean data占raw data的80%-90%。 5、下机数据的交付及保存：收到每批样品后按照合同要求时间（收到样品后15个工作日内。如采购方有特殊需求，双方协商确定）交付相应结果。下机数据需能同时提供移动硬盘和网络下载的方式进行交付，网络下载方式数据下载期限不低于30天。测序下机后的原始数据服务商需保存一年。 6、样品质量检测合格，测序结果不合格的样品，服务商需免费加测直至成功。 7、交付数据内容（其中7.1为通用要求；7.2和7.3为分析服务参数，仅当我单位提出需求时交付）： 7.1细菌全基因组测序及组装：包括原始数据（rawdata和cleandata，数据格式为fastq）、拼接后数据（数据格式为fasta），下机数据能满足上传国家致病菌识别网平台要求。 7.2细菌全基因组框架图测序及分析：包括原始数据（rawdata和cleandata，数据格式为fastq）、拼接后数据（数据格式为fasta）、基因组分分析数据（至少包括基因元件预测、CRISPR预测等）、基因功能注释数据（至少包括NR库比对注释、COG注释、GO功能分类注释、KOG功能分类注释、KEGG功能分类注释、Swiss-Prot、PFAM、碳水化合物活性酶注释、毒力基因注释、耐药基因注释、病原宿主互作用数据库注释、跨膜蛋白分析、信号胎蛋白预测、蛋白亚细胞定位等）。 7.3耐药菌完成图测序及分析：应包括框架图分析的所有数据，此外，还应包括基因组圈图展示、基因组岛预测、耐药质粒图谱绘制、BUSCO直系同源基因评估、前噬菌体预测、比较基因组分析（基于16S rRNA的系统发育树、同源基因分析、泛基因组分析、基于同源基因的系统发育树、同源基因Cluster的功能）等。	合同签订之日起一年	符合磋商文件要求

五、评审专家（单一来源采购人员）名单：
张老师、徐老师、邓老师（采购人代表）
六、代理服务收费标准及金额：
本项目代理费收费标准：具体为：依据《国家发展改革委关于进一步放开建设项目专业服务价格的通知》（发改价格〔2015〕299号）文件)，收取人民币2000元整。
本项目代理费总金额：0.200000 万元（人民币）
七、公告期限
自本公告发布之日起1个工作日。
八、其它补充事宜
九、凡对本次公告内容提出询问，请按以下方式联系。
1.采购人信息
名 称：乐山市疾病预防控制中心 　　　　　
地址：乐山市市中区嘉祥路1224号　　　　　　　　
联系方式：王老师，0833－2428997　　　　　　
2.采购代理机构信息
名 称：四川嘉投招标代理有限公司　　　　　　　　　　　　
地　址：乐山市市中区嘉州大道625号1幢12楼3号　　　　　　　　　　　　
联系方式：刘老师，0833-2418666　　　　　　　　　　　　
3.项目联系方式
项目联系人：刘老师
电　话：　　0833-2418666