项目名称:单细胞和空间测序技术服务
项目编号:ZBZXFB2022031
采购单位:四川大学
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预 算: ￥ 594600
供应商资质要求: 符合《政府采购法》第二十二条规定的供应商基本条件
采购商品:10X Genomics单细胞测序
采购数量:18
计量单位:个
所属分类:其他服务行业
品牌:-
型号:-
技术参数及配置要求:1)细胞活性:＞85%(如抽取细胞核,该指标<5%)；2)结团率:＜15%；3)细胞浓度范围:700~1200cells/μl；4)细胞直径范围:<40μm(如抽取细胞核,该指标<15μm)；5)有核率:＞70%；6)cDNA峰形呈正态分布状,介于500bp-8000bp,主峰＞1300bp；7)DNA文库浓度≥1.5nM；8)文库测序数据量≥100GBase(PE150测序模式)；9)Q30>85％；10)测序数据基因组比对率≥85%；11)目标捕获细胞数浮动范围在20%以内；12)细胞平均reads>20k；13)细胞基因中位数≥1000(如抽取细胞核,该指标≥800)；14)线粒体基因比率<25%的细胞占比70%以上；15)鉴定的细胞类型正常，包含组织实质细胞和免疫细胞等类群
A．标准分析内容：
a、测序数据质控：各个样本测序数据质控（reads数、测序饱和度等）与Cell Ranger分析结果质控;
b、各个样本数据比对（细胞数目统计、reads基因组比对率等）和多样本数据合并（基因表达定量）
c. 细胞基因数、UMI数、线粒体基因表达过滤：单细胞亚群分类与分类结果可视化包括细胞过滤、单细胞亚群分类（各亚群单个细胞基因中位数、各样本在各亚群数目统计）、分类结果可视化（聚类分析可视化tSNE图）、样本/Cluster细胞构成比例分析
d、细胞类型定义：SingleR定义细胞类型(参考)、细胞定义t-SNE聚类可视化
e、Marker基因分析及展示：Marker基因（上调基因）筛选、Marker基因热图、各细胞cluster Top10 Marker基因小提琴图、各细胞cluster Top10 Marker基因Feature plot图、各细胞cluster Top10 Marker基因Dot plot图。
f、细胞Cluster基因差异分析：不同Cluster间差异基因火山图、不同Cluster间基因表达MA图
g、样本间基因差异分析：相同细胞Cluster样本间基因表达差异分析、GO富集、KEGG富集、基因火山图、表达MA图
h、功能富集分析：各细胞cluster上调基因GO功能富集分析、KEGG功能富集分析
i、目标细胞群体亚聚类：细胞群体sub-cluster聚类、t-SNE聚类及可视化、
Marker基因（上调基因）筛选、整体Marker基因热图、sub-Cluster Top10 Marker基因小提琴图和Dot plot图、sub-Cluster间上调基因GO富集和
KEGG富集、sub-Cluster间上调基因
j、拟时序分析：细胞state轨迹分布分析、细胞cluster状态轨迹分布分析、
细胞拟时序分布轨迹分析、拟时序轨迹分布相关TOP50基因分析及可视化
、拟时序轨迹分布特定基因（默认top6）分析及可视化
B．高级分析内容：
RNA速率（RNA velocity）分析、细胞受体配体互作分析、细胞周期分析、GSEA功能富集分析、GSVA功能富集分析、Cluster/cell/sample间相关性分析、单细胞-Bulk相关性分析(需要提供RNA-seq数据)、WGCNA分析、差异表达基因TF预测、差异表达基因蛋白互作分析、差异表达基因相关性网络分析、差异表达长链非编码RNA(lncRNAs)分析、差异表达lncRNAs转录因子预测、蛋白互作分析及相关性网络分析、不同组织的相同细胞类型之间编码基因、lncRNAs表达及相关性分析、单细胞CNV分析等。
C.定制化分析内容：
a、设置专门的服务团队对客户进行针对性分析服务，24小时内响应客户数据分析需求;
b、提供邮箱、电话、微信群、线上线下会议等多种方式进行沟通和数据分析探讨;
c、根据客户样本特性和数据质量，制定针对性的细胞、基因数据质控和过滤参数;
d、根据客户目标，共同探究文章框架，构思文章主旨，合理安排分析结果;
e、利用公司单细胞测序行业专业优势，及时掌握领域研究进展和情报，遇到严峻竞争事态时，向甲方提供预警和差异化研究方案;
f、结合公司已有的领域知识和单细胞数据分析经验，对个性化数据分析结果进行解读研判，并制定下一步数据分析方案;
g、对于文章投递过程中审稿人的提问及时协助解答，对于补充数据分析按要求进行数据分析并及时提供分析结果;
h、免费进行其它合理的定制化数据分析，服务至文章发表
售后服务:所有分析及个性化需求
采购商品:10X Genomics Visium空间转录组测序
采购数量:6
计量单位:个
所属分类:其他服务行业
品牌:-
型号:-
技术参数及配置要求:1)RNA质量: RNA完整无降解，RIN值≥7，RNA总量大于500ng，满足后续实验要求；2)组织形态：组织大小：长×宽 ≤ 6.5mm×6.5mm，组织切面形态完整、无断裂、无冰晶；3)cDNA质控：cDNA片段长度：200-9000bp；主峰在600-1000bp之间；4)文库质控：文库峰形位于250bp-1500bp之间；主峰在400-500bp之间；5)文库测序数据量≥100GBase(PE150测序模式)；6)Q30>85％；7)测序数据基因组比对率≥85%；8)spot基因中位数≥1000；9)空间分布的细胞类型正常，包含组织实质细胞和免疫细胞等类群
A．标准分析内容：
a、测序数据质控：各个样本测序数据质控（reads数、测序饱和度等）与Space Ranger分析结果质控;
b、各个样本数据比对（spots数目统计、reads基因组比对率等）和多样本数据合并（基因表达定量）;
c、多样本整合分析：采用Space Ranger提供的aggr对多个样本的spot 的表达量进行整合分析;
c. Spot基因数、线粒体基因表达：对每个spot检出基因数、线粒体数进行统计，进行spots的基因分布可视化，可以评估样本中所有spot基因表达情况；
d、空间位置的细胞分群：对基因的表达进行归一化，然后进行PCA降维分析，生成带空间位置标签的细胞聚类图谱，通过细胞marker进行细胞鉴定（或者通过单细胞转录组数据进行细胞映射）；
e、Marker基因分析及展示：Marker基因（上调基因）筛选、Marker基因热图、spots cluster Top10 Marker基因小提琴图、spots cluster Top10 Marker基因Feature plot图、spots cluster Top10 Marker基因Dot plot图；
f、Spots Cluster基因差异分析：不同Cluster间差异基因火山图、不同Cluster间基因表达MA图;
g、样本间基因差异分析：相同spots Cluster样本间基因表达差异分析、GO富集、KEGG富集、基因火山图、表达MA图;
h、功能富集分析：各spots cluster上调基因GO功能富集分析、KEGG功能富集分析
B．高级分析内容：
Spots cluster/spots 细胞类型间的拟时序分析、细胞受体配体互作分析、细胞周期分析、GSEA功能富集分析、GSVA功能富集分析、单细胞转录组-空间转录组关联分析(具有同一份样本的单细胞转录组和空间转录数据)、WGCNA分析、差异表达基因TF预测、差异表达基因蛋白互作分析、差异表达基因相关性网络分析等。
C.定制化分析内容：
a、设置专门的服务团队对客户进行针对性分析服务，24小时内响应客户数据分析需求;
b、提供邮箱、电话、微信群、线上线下会议等多种方式进行沟通和数据分析探讨;
c、根据客户样本特性和数据质量，制定针对性的细胞、基因数据质控和过滤参数;
d、根据客户目标，共同探究文章框架，构思文章主旨，合理安排分析结果;
e、利用公司空间转录组测序行业专业优势，及时掌握领域研究进展和情报，遇到严峻竞争事态时，向甲方提供预警和差异化研究方案;
f、结合公司已有的领域知识和空间转录组数据分析经验，对个性化数据分析结果进行解读研判，并制定下一步数据分析方案;
g、对于文章投递过程中审稿人的提问及时协助解答，对于补充数据分析按要求进行数据分析并及时提供分析结果;
h、免费进行其它合理的定制化数据分析，服务至文章发表
售后服务:所有分析及个性化需求

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