一、项目名称及内容
（一）项目编号：JF-20230224
（二）项目名称：江西省疾病预防控制中心采购结核杆菌全基因组测序服务项目
（三）项目地点：江西省南昌市
（四）项目内容：采购要求及数量详见附件
（五）预算价格：22500元人民币
（六）评价办法：在满足采购方全部技术要求下所报最低价者为拟中标人。
二、投标人资格条件：
（一）具有独立承担民事责任的能力；
（二）具有良好的商业信誉和健全的财务会计制度；
（三）具有履行合同所必须的货物和专业技术能力；
（四）有依法缴纳税收和社会保障资金的良好记录；
（五）在经营活动中没有重大违法记录；
三、投标人投标文件须提供
（一）报价单
（二）营业执照复印件，加盖单位公章
以上资料密封后，在启封口加盖单位公章递交。
四、响应文件提交截止时间
2023年3月29日10：00时（北京时间）。
五、联系方式
江西省疾病预防控制中心药品科
联系人：苟忠林
联系电话：0791-88319816
详细地址：江西省南昌市北京东路555号
六、附件
附件1：采购要求及数量
附件2：结核分枝杆菌全基因组测序技术参数
 
2023年3月23日
 
 
附件1：

名称	购置数量	技术要求	交货日期	用途
全基因组测序服务	50例	结核分枝杆菌全基因组测序，返回结果包括测序原始数据文件以及鉴定突变位点，对突变进行注释(同义、错义、无意、移码突变等)，获得目标基因组对于参考基因组的SNP、InDel等一系列变异信息，突变分析结果(excel格式)。	2023.6	疫情处置

 
 
 
 
附件2：
结核分枝杆菌全基因组测序技术参数
 
1、测序服务内容
（1）样本提取：取灭活结核分枝杆菌菌液进行超声分散。采用改良版CTAB法提取DNA。
（2）样本质检：Agilent5400完整性检测，对样本是否满足建库测序要求进行判定。
（3）测序目标：结核分枝杆菌全基因组测序
（4）测序平台：二代Illumina测序平台
（5）测序长度：PE150
（6）测序深度：平均200X
（7）文库类型：微生物小片段文库
（8）数据质量：在样本合格的情况下，平均Q30≥85%
（9）数据产量：1GRawData
2、生信分析服务内容
（1）低质量序列过滤、接头（adapter）序列去除：原始数据(RawData)进行去除接头和低质量read的处理，得到有效数据(CleanData)。
（2）参考序列比对：将CleanData比对到结核分支杆菌参考基因组H37Rv（NC_000962.3）进行测序深度和覆盖度的统计。
（3）变异检测：鉴定突变位点，对突变进行注释，获得目标基因组对于参考基因组的SNP、InDel等一系列变异信息。
（4）遗传距离分析：根据每个菌株的突变位点生成突变矩阵，根据突变矩阵生成菌株间SNP距离矩阵。
（5）耐药分析：谱系及耐药突变分析结果。耐药突变频率结果。补偿性突变结果。耐药报告结果。包括：异烟肼、利福平、乙胺丁醇、吡嗪酰胺、链霉素、氟喹诺酮、氨基糖苷类、阿米卡星、卡那霉素、卷曲霉素、乙硫异烟胺、对氨基水杨酸、环丝氨酸、利奈唑胺、贝达喹啉、氯法齐明、德拉马尼17种药物。
进化树构建：通过与结核分枝杆菌参考基因组H37Rv（NC_000962.3）进行比对，构建进化树，图形化显示耐药表型。