汕头大学医学院 - 竞价公告 (CF1056Y2024000065)
发布时间：2024-12-10 10:41:35 截止时间：2024-12-13 10:51:10
基本信息：
申购主题：微生物简化基因组测序服务
报价要求：国产含税
发票类型：增值税专用发票
付款方式：货到验收合格后付款
送货时间：合同签订后5天内送达
安装要求：免费上门安装（含材料费）
预算：86878.2 人民币

收货地址：广东省/汕头市/金平区/****
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序号	项目名称	数量/单位	预算价	项目内容	质保及售后服务	附件

1

微生物简化基因组测序服务

174(例)

499.3

1.对提供的主动脉夹层组织样本进行总DNA抽提，并进行质量检测，DNA合格后，通过IIB型限制性內切酶对基因组DNA进行酶切，使用特异接头（adapter）回收酶切标签并以PCR扩增的方式进行文库构建，构建好的文库经Qubit质检合格后，进行NGS上机测序。数据下机后通过“两步法”对微生物群落结构进行分析。第一步，通过预先建立的含有每种微生物unique tag的数据库(2b-Tag-DB)进行定性分析，即筛选所有可检测到ungiue tag的微生物物种。第二步，对定性的微生物再次建立2b-Tag-DB并进行相对定量分析，即根据unique tag的覆盖率对上一步得到的微生物物种进行丰度估计，以最大化、高准确度、高灵敏度地检出微生物，同时在物种水平检测细菌、真菌和古菌。 2.由于待测为组织样本，微生物含量非常稀少，不接受普通宏基因组测序以及16S等相关技术的竞价。 3.测序平台：illumina Xplus，PE150测序模式。 4.数据量：每个样品原始数据≥6 M raw reads。 5.数据质量：原始下机数据测序质量要求：Q20≥90%，Q30≥85%。 6.污染去除：每组样品设置阴性对照，去除样本中的潜在微生物污染。 7.生物信息学分析内容，包括但不限于： 7.1 测序数据质控 7.2 物种注释与定量 7.3 群落结构分布 7.3.1 群落结构柱状图 7.3.2 群落结构Heatmap图 7.3.3 群落结构Krona分析 7.4 alpha多样性分析 7.4.1 alpha多样性指数统计 7.4.2 alpha多样性指数箱线图 7.4.3 Specaccum物种累积曲线 7.4.4 Rank Abundance分析 7.5 beta多样性分析 7.5.1 beta多样性指数 7.5.2 PCA分析 7.5.3 PCoA分析 7.5.4 NMDS分析 7.5.5样本层次聚类分析 7.6微生物多元变量统计分析 7.6.1 Kruskal Wallis差异统计 7.6.2 ANOVA差异统计 7.6.3 LEfSe分析 7.6.4 PERMANOVA/Adonis分析 7.6.5 ANOSIM分析 7.7 关联与模型预测分析 7.7.1 Indicator分析 7.7.2 随机森林分析 7.8 功能注释分析 7.8.1 KEGG功能预测 7.8.2 COG功能预测 8.结果报告包括但不限于：（1）结题报告；（2）结果文件。

结果报告包括但不限于：（1）结题报告；（2）结果文件。