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  本发明公开了一种水稻耐盐基因SKC1的SNP分子标记及其应用。所述SNP分子标记选自OS900205_K01、OS900206_K01、OS900207_K01的任一个，其中，OS900205_K01的多态性为C或G；OS900206_K01的多态性为T或C；OS900207_K01的多态性为A或G。利用所述分子标记，可快速、精准的检测水稻耐盐基因SKC1。本发明在检测过程中不需要酶切、电泳及测序等繁琐的程序，减少气溶胶的污染以及EB等有毒物的使用，有利于SKC1基因高效、环保的应用于水稻商业化分子育种中。