招标
北京八大处整形科技发展有限公司关于高通量基因测序仪采购的公示
存储服务器杂交捕获硬件加速卡数据预处理构建本地频率数据库软件分析功能无创ctDNA检测位点功能预测数据库文库构建芯片扫描模块安装高精度机械臂开放平台抓扳手UPS不间断电源人群频率数据库桌面整合数据加速格式转化固态硬盘探针高性能计算服务器多系统类型定制基因包综合基因功能数据库测序仪下机数据高速拆分UDindex混合接头解读一体机原始数据再分析可变剪接预测自动化双端读取序列振荡报告解读测序平台本地化遗传病数据分析系统全基因组小RNA分析高通量基因测序仪纯化工作PCR板调试液体处理试剂添加超高倍率测序文件压缩单管移液控制系统深孔板个人全基因组数据温控定制化自动报告生成功能肿瘤靶向用药检测位点排序Ranking算法整机全基因组测序HEPA系统整列反应体系构建三级分析系统加速服务器破坏性预测工作站一次性吸头建库模块上清去除文库制备样品纯化可在测序线粒体测序定向重测序紫外灯疾病关联型数据库内置加速分析流程组分添加ACMG解读判定转录组测序磁力架样品转移片段标签序列样本纯化内存个人捕获测序本地化系统已知物种重测序集成扩增PCR仪数据拆分移液器自动化单端序列读取超高密度微珠光纤芯片抓取耗材处理器CPU无创产前检测全外显子组测序扩增子测序叠放式枪头的自动更换高通量测序系统试剂分装解读分析能力染色体微缺失微重复检测
金额
-
项目地址
北京市
发布时间
2023/10/08
公告摘要
项目编号-
预算金额-
招标联系人吴芳15010256639
标书截止时间-
投标截止时间-
公告正文




北京八大处整形科技发展有限公司根据工作需要,拟采购高通量基因测序仪,计划于近期组织磋商会,拟参与本项目的公司可与北京八大处整形科技发展有限公司工作人员联系报名。
报名电话:15010256639(同微信号) 联系人:吴芳
报名时间:2023年10月9日----2023年10月13日16时。
报名方式:微信报名,确认后发送加盖单位公章资质PDF版。
一、国产产品资质要求(加盖单位公章):
1.国内生产商给医院供应商的销售/产品授权书
2.国内生产商及医院供应商营业执照
3.医院供应商法人给销售人员的项目授权书
4.销售人员身份证正反面复印件
5.其他与本次产品介绍相关的资质材料(如有可提供)
二、进口产品资质要求(加盖单位公章):
1.国外生产商给中国区总代/子公司的销售/产品授权书
2.中国区总代/子公司给报名供应商的销售/产品授权书
3.中国区总代/子公司营业执照
4、报名供应商营业执照
5.报名供应商法人给销售人员的项目授权书
6.销售人员身份证正反面复印件
7.其他与本次产品介绍相关的资质材料(如有可提供)


设备明细

设备

单位

数量

预算金额(万)

高通量基因测序仪


1

450



一、设备名称、数量
1.设备名称:高通量基因测序仪
2.数量:1套
二、技术要求
1. 设备用途
1.1 自动化的完成高通量测序样品制备中的纯化、样品均一化等环节,也可用于各步酶反应及PCR反应的体系构建;可应用于其他各项常规实验室自动化液体处理工作,包括文库管理、梯度稀释,以及各种酶切、PCR、实时荧光定量PCR、Sanger测序等的反应体系构建及样品制备纯化;
1.2 通过对遗传物质进行测序,以检测基因变化,分析基因变化可导致存在疾病或易感性。包括:全基因组测序,全外显子组测序,转录组测序,已知物种重测序,全基因组小RNA分析,扩增子测序,定向重测序,无创产前检测(NIPT)、染色体微缺失微重复检测(CNV-Seq)、肿瘤靶向用药检测、无创ctDNA检测等;
1.3 能够对各种主流测序平台产生的原始数据进行比对、注释、分析、解读,并提供数据管理系统,供医院进行样本管理、数据管理、自主进行报告解读、原始数据再分析。
1.4配置
高通量测序系统1套(含硬件部分及分析系统部分)
硬件部分包含建库模块、芯片扫描模块、测序平台及控制系统,UPS不间断电源。
数据分析系统部分包含:包含高性能计算服务器,存储服务器,本地化遗传病数据分析系统。
2. 硬件部分总体技术要求
2.1采用基于可逆末端终止法的边合成边测序(SBS)技术。
2.2数据通量:每次运行可生成不少于可读400M个片段标签序列;每次反应可生成不少于1200亿(120G)碱基数据。
2.3仪器证书:获得NMPA医疗器械注册证,以及美国FDA,欧洲CE-IVD认证。
2.4 自动化单端序列读取:读长≥1×150个碱基;自动化双端读取序列:读长不低于2x150个碱基。
2.5测序时间:测序时间短,75循环测序时间低于11小时,300循环测序时间可低于26小时。
2.6通量灵活,需具备中通量和高通量两种流动槽模式可选,可选芯片种类>5种;
2.7样品并行性:可提供稳定成熟的4*96个样品的UD index混合接头
2.8可精确读取≥12个的连续单个重复碱基(如AAAAAAAAAAAAAAA);
2.9以Q30为测序质量标准(即每个碱基的准确度为99.9%),标准品Phix 2×75测序模式下,80%以上的碱基比例可达到Q30,2×150测序模式下,75%以上的碱基比例可达到Q30;
2.10 测序完成后,需能立即获得以ATCG标识的标签序列(每次运行可同时检测的标签数量不少于4×96种);并能获得多种标签序列格式;单次运行可完成≥1个人的全基因组测序(x30覆盖度),12人全外显子(90%的区域)测序(×100覆盖度);
2.11 可在测序和BeadChip™芯片扫描之间无缝过渡,能够对超高密度微珠光纤芯片扫描。
2.12 最高扫描密度可达850K种探针,探针密度超过70M/样品,15倍的微珠冗余提高了信噪比(SNR),有助于可靠检出CNV、AOH、UPD、低水平嵌合体、微缺失微重复、部分单基因疾病等。
2.13芯片扫描速度快,单个样本芯片扫描时间仅需要3.3-5min;
2.14扩增可以自动化进行;无需手工操作;
2.15桌面整合机型:集成扩增、测序、数据拆分在同一台仪器上自动完成,能够满足临床及科研的需求。
2.16 工作站台面空间不少于16个板位,可以全自动完成24个样本的文库构建,样品纯化,反应体系构建等多种流程。具备自动升降磁力架,温控,振荡,PCR仪等多个功能模块,一次可装载不少于8盒一次性吸头。
2.17 移液器枪头采用叠放式设计,只占用少量的板位即可装载最多8盒移液器枪头。
2.18 系统配备高精度机械臂,X,Y,Z轴三个方向运动精度不大于0.1mm,以保证各种液体处理、抓取耗材的位置精确性。
2.19 工作站配备8通道阵列式移液器,可实现整列和单管移液,用于快速高效的样品转移、试剂分装、试剂添加,以及各种反应体系构建,样本纯化过程中组分添加、上清去除等。
2.20 工作站可实现1-24个样品灵活可变的文库制备通量,及纯化工作。
2.21 工作站液体处理通量为2-200ul,2ul移液精度CV<5%,200ul移液精度CV<1%,DMSO,80%乙醇等兼容,吸液/排液速度可调,以适应不同液体的处理。如DMSO、磁珠和80%乙醇等。
2.22 系统配备有抓扳手,可以完成叠放式枪头的自动更换,深孔板和PCR板等耗材的自动化转移。
2.23 设备配备有紫外灯和HEPA系统,可以通过软件自由控制其开关,防止产生气溶胶污染。
2.24 系统为开放平台,兼容市面上各种进口和国产试剂的建库流程、杂交捕获流程,可根据客户需求个性化定制所需要的流程,同时客户可自定义建库流程中的扩增循环数等参数。满足不同个性化应用需求。
3. 分析系统总体技术要求
3.1 能够在本地实现对包括:WES、triosWES、CWES、CNV-SEQ、WGS、线粒体测序等各种类型数据分析与报告解读;
3.2 数据格式:输入文件支持类型包括:BCL,FASTQ,BAM,VCF。输出文件支持类型包括:VCF,GVCF,BAM。
3.3 硬件参数:适配加速服务器,具备数据加速、压缩、分析及解读一体机,具备串联扩展空间。
3.3.1处理器CPU:不低于Dual Intel Xeon Gold 6226R 2.9GHz, each with 16 Cores,32 cores total with 64 threads
3.3.2内存:不低于512G
3.3.3硬盘:不低于2x6.4TB NvMe SSD固态硬盘;不低于100TB机械硬盘。
3.3.4年最大数据算力通量: 提供大于1500T/年数据处理通量
3.3.5分析速度要求:30分钟内能够完成个人全基因组数据30X深度数据,5分钟内完成个人捕获测序100X深度数据
3.3.6硬件加速卡:不低于 Xilinx FPGA U200,支持最高 10G以太网光纤链接。
3.3.7内置加速分析流程:测序仪下机数据高速拆分和格式转化/数据预处理/超高倍率测序文件压缩与解压。
3.4 软件参数
本地化系统应内嵌所有数据分析所需数据库,知识库,可在院内离线状态下完成系统部署与所有生产工作,实现 100%本地化,提供数据安全性保障。
3.4.1功能注释数据库:
全面集成主流需求注释数据库并有针对性汉化,要求至少每季度更新一次;包括综合基因功能数据库:UCSC, Ensembl, RefGene, NCBI;人群频率数据库:1000G, gnomAD, ExAC, 提供本地频率数据库;位点功能预测数据库:破坏性预测:REVEL, Phylop,SIFT, Polyphen2, Mutation Taster, HMM, CADD等十余种可变剪接预测:dbscSNV,SpliceAI等;疾病关联型数据库:OMIM(专业团队注释翻译后的本地汉化版), HPO, Decipher,Orphanet, Clinvar,Pubmed,CLINGEN;ACMG解读判定: 三级分析系统整合了经过专业遗传咨询团队进行过判读的突变位点大于16万个,其中P/LP位点大于20000个,能够搭建院内本地数据库,提供自动化判定软件能够对SNV/Indel/CNV根据ACMG及CLINGEN指南进行致病性评级(如:内嵌InterVar)
3.4.2 软件分析功能:
3.4.2.1高自由度的表型相关Genelist创建工具,提供多系统类型定制基因包,同时,内嵌HPO,OMIM及Orphanet数据库,可通过表型信息检索创建相应基因包,本地数据库同步HPO官网
3.4.2.2 构建本地频率数据库:从0开始构建本地频率数据库,并以此对所有系统中样本进行本地频率的同步注释,点击频率按钮更能快速检索携带相同位点的其他受检样本
3.4.2.3解读分析能力: 能够提供准确的包括 SNV、Indel、exonCNV、ROH、动态突变、CNVseq、MEI、线粒体变异、同源假基因misalignment 分析等多突变类型解析能力,并有相应的国际发表文章支持。
3.4.2.4位点排序 Ranking 算法,将所有位点根据位点类型、位置、功能、频率,致病性、破坏性、权威数据库等,划分不少于7个等级
3.4.2.5定制化自动报告生成功能:用户可上传个性化模板进行报告定制,解读选中的位点将自动生成临床报告,对于报告系统相关数据库,用户可同步进行维护更新,对于已报道的位点描述进行修改保存。
3.5 系统成熟度:受到行业内国际专业权威机构认可,获得 NMPA 或 CE等相关产品认证。
三、售后服务要求
1.整机质保≥3年
2.负责设备运输、安装、调试
3.在北京有驻点分公司及维修部门,保证市内24小时内响应,48小时到位。
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