一、项目编号:0625-22215E52
二、项目名称:温州医科大学附属外送临床样本进行时空转录组学的检测项目
三、中标(成交)信息
1.中标结果:
序号 | 中标(成交)金额(元) | 中标供应商名称 | 中标供应商地址 |
---|---|---|---|
1 | 响应报价:432000(元) | 青岛华大基因研究院 | 青岛市黄岛区团结路2877号中德生态园管委会 |
2.废标结果:
序号 | 标项名称 | 废标理由 | 其他事项 |
/ | / | / | / |
四、主要标的信息
服务类主要标的信息:
序号 | 标项名称 | 标的名称 | 服务范围 | 服务要求 | 服务时间 | 服务标准 |
1 | 温州医科大学附属眼视光医院外送临床样本进行时空转录组学的检测 | 外送临床样本进行时空转录组学的检测 | 时空转录组数据标准分析包含以下内容: 1)下机数据质控 2)基因组对比 3)基因表达定量 4)聚类分析 5)细胞类群注释分析(人和小鼠) 6)功能富集分析(人和小鼠) 7)拟时序分析 8)细胞类群互作分析(人和小鼠) |
成交供应商向采购方提交结题报告(基本分析)和项目数据(信息采集产生的序列文件(*.fq)和相关生物信息分析结果文件) | 成交供应商承诺在项目周期开始起算的 【62】个工作日内发送结题报告 | 质控合格的即可交付:rawdata不少于1G reads,Q30>80% |
评审专家抽取规则评审专家抽取规则
六、评审专家(单一来源采购人员)名单:
王小曼,林晓秋,麻益鹏,张敏,张贤红(采购人代表)
七、开标情况
标项1标项1
八、资格审查情况
标项1标项1
九、符合性审查情况
标项1标项1
十、技术评分明细表
十一、中标(成交)候选人推荐情况
标项1标项1
十二、代理服务收费标准及金额:
1.代理服务收费标准:本项目代理服务费按计价格【2002】1980号文规定的80%向成交供应商收取,即100万以下部分按1.2%计取。
2.代理服务收费金额(元):5184
十三、公告期限
自本公告发布之日起1个工作日。
十四、其他补充事宜
1.各参加政府采购活动的供应商认为该中标/成交结果和采购过程等使自己的权益受到损害的,可以自本公告期限届满之日(本公告发布之日后第2个工作日)起7个工作日内,以书面形式向采购人或受其委托的采购代理机构提出质疑。质疑供应商对采购人、采购代理机构的答复不满意或者采购人、采购代理机构未在规定的时间内作出答复的,可以在答复期满后十五个工作日内向同级政府采购监督管理部门投诉。质疑函范本、投诉书范本请到浙江政府采购网下载专区下载。
2.其他事项:供应商对采购过程和采购结果的质疑应以书面形式一次性提出。
十五、对本次公告内容提出询问、质疑、投诉,请按以下方式联系
1.采购人信息
名 称:温州医科大学附属眼视光医院
地 址:浙江温州鹿城区学院西路270号
传 真:
项目联系人(询问):张贤红
项目联系方式(询问):0577-88068846
质疑联系人:金益波
质疑联系方式:0577-88068884
2.采购代理机构信息
名 称:浙江省国际技术设备招标有限公司
地 址:杭州市凤起路334号同方财富大厦14层
传 真:0571-85860230
项目联系人(询问):林财,马菊美
项目联系方式(询问):0571-85860240,85860232
质疑联系人:孙荣
质疑联系方式:0571-85860270
3.同级政府采购监督管理部门
名 称:浙江省财政厅政府采购监管处
地 址:杭州市环城西路37号
传 真:/
联系人 :齐鲁、吴聪瑜
监督投诉电话:0571-87057612、87058489
附件信息:
温州医科大学附属眼视光医院外送临床样本进行时空转录组学的检测项目单一来源采购文件发布稿.doc温州医科大学附属眼视光医院外送临床样本进行时空转录组学的检测项目单一来源采购文件发布稿.doc
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项目编号项目编号 | 0625-22215E52 | 0625-22215E52 | 项目名称项目名称 | 温州医科大学附属外送临床样本进行时空转录组学的检测项目 | 温州医科大学附属外送临床样本进行时空转录组学的检测项目 |
采购方式采购方式 | 单一来源 | 单一来源 | 开标时间开标时间 | 2022-11-1709:00:00 | 2022-11-1709:00:00 |
开标地点开标地点 | https://www.zcygov.cn | https://www.zcygov.cn | https://www.zcygov.cn | https://www.zcygov.cn | https://www.zcygov.cn |
序号 | 序号 | 供应商名称 | 供应商名称 | 供应商名称 | 响应报价(元) |
1 | 1 | 青岛华大基因研究院 | 青岛华大基因研究院 | 青岛华大基因研究院 | 432000 |
序号 | 供应商 | 响应报价(元) | 排名 | 是否推荐成交 |
1 | 青岛华大基因研究院 | 432000元 | 1 | √ |
资格审查记录表资格审查记录表 | 资格审查记录表资格审查记录表 | 资格审查记录表资格审查记录表 | 资格审查记录表资格审查记录表 |
项目编号项目编号 | 0625-22215E52 | 项目名称项目名称 | 温州医科大学附属外送临床样本进行时空转录组学的检测项目 |
采购方式采购方式 | 单一来源 | 开标时间开标时间 | 2022-11-1709:00:00 |
开标地点开标地点 | https://www.zcygov.cn | https://www.zcygov.cn | https://www.zcygov.cn |
序号序号 | 供应商供应商 | 资格审查情况资格审查情况 | 情况说明情况说明 |
1 | 青岛华大基因研究院 | 符合 |
序号 | 名 称 | 内 容 |
1 | 项目名称 | 详见《第一章 邀请书》 |
2 | 采购内容及数量 | 详见《第一章 邀请书》 |
3 | 预算金额 | 详见《第一章 邀请书》 |
4 | 公告媒体 | 浙江政府采购网(http://zfcg.czt.zj.gov.cn) |
5 | 电子交易平台 | 政府采购云平台(www.zcygov.cn) |
6 | 报价 | 1、本项目应以人民币报价。2、不论采购结果如何,供应商均应自行承担所有与采购有关的全部费用。 |
7 | 响应文件组成 | 响应文件由资格证明、商务技术、报价等内容组成。 |
8 | 响应文件的编制 | 1、“电子加密响应文件”:(1)“电子加密响应文件”是指通过“政采云电子交易客户端”完成响应文件编制后生成并加密的数据电文形式的响应文件。(2)供应商应先安装“政采云电子交易客户端”,并按照本采购文件和“政府采购云平台”的要求,通过“政采云电子交易客户端”编制并加密响应文件。2、“电子备份响应文件”:(1)“电子备份响应文件”是指与“电子加密响应文件”同时生成的数据电文形式的电子文件。(2)供应商可自主选择是否编制“电子备份响应文件”。(3)其他方式编制的备份响应文件视为无效备份响应文件。 |
9 | 响应文件的签章 | 采用电子签章。 |
10 | 响应文件的包装、密封和递交 | 1、“电子加密响应文件”的递交:在线上传递交。(1)供应商应在递交响应文件截止时间前将“电子加密响应文件”成功上传递交至“政府采购云平台”,否则响应无效。(2)“电子加密响应文件”成功上传递交后,供应商可自行打印响应文件接收回执。2、“电子备份响应文件”的密封、包装和递交:(1)供应商可自主选择是否递交“电子备份响应文件”。(2)“电子备份响应文件”存入U盘(一份)。(3)“电子备份响应文件” 应当在响应文件递交截止时间前以邮寄或送达方式递交。(4)“电子备份响应文件”应当密封包装,并在包装上标注采购项目编号、项目名称、响应单位名称等并加盖公章(详见第五章响应文件格式)。没有密封包装或者逾期送达至浙江省国际技术设备招标有限公司的“电子备份响应文件”将不予接收。 |
11 | 响应文件递交截止时间和地址 | 1、响应文件递交截止时间:详见《第一章 邀请书》2、响应文件递交地址:(1)“电子加密响应文件”:政府采购云平台在线递交。(2)“电子备份响应文件”:浙江省温州市飞霞南路896号建设大厦1层101室。收件人:林财(15158188766) |
12 | 协商时间和地址 | 询价时间:详见《第一章 邀请书》询价地址:供应商在线参加协商。 |
13 | 开启(解密)响应文件 | 1、采购组织机构按照采购文件规定的时间通过电子交易平台组织协商,所有供应商均应当准时在线参加协商。2、响应文件递交截止时间后,采购组织机构将向各供应商发出“电子加密响应文件”的解密通知,各供应商代表应当在接到解密通知后30分钟内自行完成“电子加密响应文件”的在线解密。3、通过“政府采购云平台”上传递交的“电子加密响应文件”已按时解密的,“电子备份响应文件”自动失效。4、通过“政府采购云平台”上传递交的“电子加密响应文件”无法按时解密的,如供应商按规定递交 “电子备份响应文件”的,则由采购组织机构按“政府采购云平台”操作规范将“电子备份响应文件”上传至“政府采购云平台”。上传成功后,以“电子备份响应文件”参与评审,“电子加密响应文件”自动失效。如供应商未按规定递交“电子备份响应文件”的,视为响应文件撤回。5、响应文件递交截止时间前,供应商仅递交了“电子备份响应文件”而未将“电子加密响应文件”上传至“政府采购云平台”的,响应无效。 |
14 | 响应文件有效期 | 90天 |
15 | 进口 | □允许不允许 |
16 | 代理服务费 | 1、本项目代理服务费参照计价格【2002】1980号文规定的80%向中标供应商收取,即100万以下部分按1.2%计取。供应商应当自成交公告发布之日起5个工作日内一次性向采购代理机构支付代理服务费,并在响应文件中出具代理服务费支付承诺书(格式见第五章)。2、代理服务费支付:① 代理服务费缴纳形式:汇票/支票/电汇/现金② 代理服务费汇入以下账户 :收款单位(户名):浙江省国际技术设备招标有限公司开 户:中国工商银行杭州分行武林支行账 号:12020212090067598433、增值税发票开票资料:单位名称、税号(统一社会信用代码)、开户行名称、账号、地址及联系电话、增值税一般纳税人证明。 |
17 | 解释权 | 本采购文件的解释权属于采购人和采购代理机构。 |
18 | 其他 |
子条目 | 数据需求 |
样本质控 | RNA提取:样品从-80℃取出,放入预冷好的冷冻切片机上,固定好样本,切到组织后,收取20-40张切片于1.5ml的离心管中,提取RNA,并用核酸分析仪器(Agilent 2100)进行RNA完整性的检测 。 |
样本质控 | 质控:将提取后的RNA进行RNA完整性的检测和HE染色观察组织形态的,根据RNA峰图结果评估RNA是否满足后续需求,以及组织形态是否复核要求,并提供完整质控报告结果。 |
上机测序 | Stereo-seq时空芯片(Stereo Chip)是用于mRNA定位的芯片,使用了与华大DNBSEQ技术相同的芯片加工工艺。时空芯片由布满了数十亿规则阵列排布的单链线球状DNA纳米球(DNA NanoBall,DNB)组成。DNB是以单链环状DNA为模板,经过滚环扩增(Rolling-Circle Replication,RCR)后的得到的产物,每个DNB直径为220nm,两个DNB中心点间距范围为500nm。通过DNBSEQ技术对固定在芯片上的DNB进行测序,得到Coordinate ID(CID)信息,CID与DNB坐标位置一一对应,可以通过建立CID与坐标位置的映射关系,将后续捕获到的mRNA还原其空间位置。对照关系保存在时空芯片CID-坐标位置对照文件中(Stereo Chip Mask文件)。DNB经Stereo-seq独有的生化方法合成携带CID的DNB后链接分子编码(Molecular ID,MID 用于区分不同转录本)和ployT,从而能捕获游离的mRNA。标准Stereo-seq文库的CID序列长度为25bp,MID长度为10bp。 |
上机测序 | 该技术首先将含有随机条形码序列的DNB沉积到经光刻蚀刻的经修饰的芯片上。与基于珠子的方法相比,使用滚环扩增放大产生的标记为DNB的随机条形码取得更大的空间条形码池,同时保持序列保真度。然后对阵列进行显微照相,用引物孵育并测序,以获得包含每个蚀刻DNB的坐标编码(CID)的数据矩阵。通过与CID杂交,在每个点上连接分子编码(MID)和含有寡核苷酸的polyT序列。下一步包括组织polyA尾RNA的捕获,通过将新鲜组织的冷冻切片加载到芯片表面,然后进行固定、透化,最后进行逆转录和扩增。收集扩增后的cDNA,作为制备文库的模板,与CID一起进行测序。对测序数据进行计算分析,可以实现空间分辨的转录组学研究,其分辨率为220nm(spot 直径220nm,两个DNB中心点间距为500nm),标准1*1cm芯片上包含4亿个DNB。利用stereomap智能云系统可将形态学数据与获取的亿万级空间分子信息进行结合,通过研发的软件进行空间信息的可视化展示。 |
数据分析 | 通过使用BarcodeMap工具将存储在FASTQ文件中的原始测序reads的CID与STOmics Chip Mask文件包含的CID进行匹配,为CID能够匹配的reads添加坐标信息。Valid CID Reads过滤接头后,得到Clean Reads。使用STAR工具将Clean Reads与相应物种的参考基因组进行比对,并使用Bam2Gem工具对比对结果进行基因注释和基因表达定量分析,得到基因表达矩阵。表达矩阵经TissueCut工具处理,勾画组织轮廓,并提取组织区域内的表达数据,生成样本组织覆盖区域基因表达矩阵。表达矩阵经Gem2Gef工具处理后在StereoMap可视化系统展示基因表达热图,查看基因在组织上的空间位置和表达情况。得到样本组织覆盖区域的基因表达矩阵后,使用Stereopy或者Seurat工具的聚类模块进行降维聚类,筛选差异高表达基因;基因注释分析:GO注释分析;KEGG注释分析;Reactome富集分析; 通过SingleR数据库进行细胞类型自动化注释;通过CellphoneDB工具进行细胞网络互作分析;拟时序分析及基因表达量动态变化通过单细胞转录组数据注释时空组细胞类群(需要单细胞分析结果*.rds文件)通过已知Marker基因校正细胞类群(需提供Marker基因)GSEA富集分析,对特定的类群表达基因进行富集分析各簇细胞组分分析,对比不同类群细胞组成比例的差异(需要在细胞注释的基础上展开)基因表达量动态变化分析(针对特定需求的基因分析)细胞周期分析(需要提供相关Marker基因)组间差异表达基因分析(需要有实验组对照组设计) |
配套硬件 | 1:冷冻切片机:Leica CM19502:正置荧光扫描显微镜:徕卡 DM6M;Motic Custom PA53 FS63:烤片机:博日TC-EA-B-41A4:深孔PCR仪:博日TC-96/G/H(b)C5:恒温干燥箱:上海一恒DHP-90826:生物安全柜:ESCO A2型7:核酸分析仪器:Agilent 2100 Bioanalyzer;Qubit® 3.0 Fluorometer7:测序仪:DIPSEQ-T1;DNBSEQ-T10×4RS;DNBSEQ-T78:服务器:配置不低于1500+运算核心,15TB的运行内存。 |
序号 | 项目名称 | 项目负责人 | 响应报价 |
1 | 小写:大写: |
序号 | 采购文件要求 | 响应文件响应 | 偏离情况 |
... |
序号 | 采购文件要求 | 响应文件响应 | 偏离情况 |
序号 | 采购文件要求 | 响应文件响应 | 偏离情况 |
姓名 | 职务 | 专业技术资格 | 证书编号 | 参加本单位工作时间 | 备注 |
符合性评审汇总表符合性评审汇总表 | 符合性评审汇总表符合性评审汇总表 | 符合性评审汇总表符合性评审汇总表 | 符合性评审汇总表符合性评审汇总表 |
项目编号项目编号 | 0625-22215E52 | 项目名称项目名称 | 温州医科大学附属外送临床样本进行时空转录组学的检测项目 |
采购方式采购方式 | 单一来源 | 开标时间开标时间 | 2022-11-1709:00:00 |
符合性审查人员符合性审查人员 | 开标地点开标地点 | https://www.zcygov.cn | |
序号序号 | 供应商供应商 | 符合性情况符合性情况 | 情况说明情况说明 |
1 | 青岛华大基因研究院 | 符合 |
抽取方案1 | 抽取方案1 | 抽取方案1 | 抽取方案1 |
抽取方式:自行抽取 | 抽取方式:自行抽取 | 评审人数:4 | 评审人数:4 |
抽取规则 | 抽取规则 | 抽取规则 | 抽取规则 |
专家隶属库 | 评审专业 | 人数 | 抽取条件 |
温州市本级 | 医疗卫生服务,临床检验设备,生命科学实验室专用设备, | 3 | 年龄:-职称:高级工程师,工程师级别:意愿评标区划:常驻地址:所属单位性质:国家机关,事业单位,大专院校,医院科研机构, |
温州市本级 | 信息技术咨询服务, | 1 | 年龄:-职称:级别:意愿评标区划:常驻地址:所属单位性质:国家机关,事业单位,大专院校,医院科研机构, |
回避单位 | 回避原因 |
回避专家 | 回避原因 |
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