序号

物资

名称

工作内容、检测项及质量标准

1

全转录组测序

一．概况

对肺组织样本（包括癌组织和癌旁组织）进行RNA抽提以及全转录组测序。

二．方案要求

1） 测序策略：去核糖体建库测序（含mRNA、LncRNA、circRNA）PE150，Small RNA SE50；

2） 建库方案：去除rRNA的链特异性RNA文库+ Small RNA文库；

3） 测序数据量：去核糖体建库测序（≥12G），miRNA（≥10M reads）；

4） 测序质量标准：过滤后获得的有效数据在Q30水平≥85%；在Q20水平≥90%；

5） 生物信息分析：标准分析+个性化分析；

6） 结果交付：原始数据+结题报告+结果文件，40个工作日内交付所有结果（含数据分析）；

7） 比选文件中提供测序平台及测序方案。

三．服务内容

使用安捷伦2100（或其他等同设备）检测RNA总量与完整度（RIN），使用去球蛋白TruSeq Stranded Total RNA Library Prep Globin（illumina）试剂盒（或其他等同试剂盒）纯化 RNA（去除球蛋白与 rRNA）。RNA和文库质检合格后开展全转录组测序，交付数据质控报告，提供测序结果数据分析服务。

四． 分析内容

lncRNA分析

1） 测序产出情况及数据评估，序列比对与拼接；

2） SNP和InDel分析，可变剪切分析；

3） 转录本拼接，新转录本预测；

4） LncRNA定量分析；

5） LncRNA筛选（LncRNA筛选结果、筛选LncRNA分类情况、LncRNA特征分析），提供表达结果注释表格、样本相关性分析图、PCA图等；

6） 差异表达分析（提供差异表达分析结果、火山图、散点图、染色体分布、聚类分析、韦恩图等）；

7） LncRNA与mRNA数据的关联分析，包括mRNA及lncRNA特征分析、lncRNA靶基因预测、差异lncRNA与差异mRNA关联分析、共表达分析、ceRNA分析等；

8） 对差异基因基于Gene Ontology（GO）和KEGG数据库进行注释及富集分析，提供富集可视化气泡图及pathway结果；

9） 基因互作分析，蛋白互作网络分析，多组学关联分析。

circRNA分析

1） circRNA预测；

2） circRNA进行差异表达分析，并进行可视化差异结果展示，包括散点图、火山图、热图；

3） 对circRNA所在基因组位置上对应的parental gene进行注释，并基于Gene Ontology（GO）和KEGG数据库对parental gene进行注释及富集分析，提供富集可视化气泡图及pathway结果；

4） 进行circRNA与mRNA数据的关联分析，包括差异circRNA与差异mRNA关联分析、共表达分析、ceRNA分析。

miRNA分析

1） 测序数据过滤及统计，参考序列及数据库比对；

2） 已知miRNA鉴定，新miRNA预测；

3） miRNA靶基因预测；

4） miRNA表达水平分析；

5） 差异表达miRNA分析；

6） 差异表达miRNA靶基因GO功能分析；

7） 差异表达miRNA靶基因Pathway功能分析；

8） 差异表达miRNA靶基因的KEGG通路分类统计；

9） KEGG通路富集分析；

10） 已知miRNA家族分析；

11） lncRNA-miRNA-mRNA联合分析（包含lncRNA-miRNA联合分析，mRNA-miRNA联合分析）等。

五．结果交付要求

数据交付需提供完整的实验报告，具体包括：

1） RNA质检报告：所有检测样本的浓度、纯度相关参数和电泳图等；

2） 实验文件：实验操作流程、常用软件、技术文档、注释文件等；

3） 数据质控报告：提供样本数据质控结果信息等；

4） 实验数据报告：原始数据和bam文件、fastq数据等。

5） 多余组织样本和提取物需返回给比选方；

6） 承诺：不瞒报、谎报、漏报检测数据、结果等信息；承担保密义务，不得泄露、擅自使用或对外发布检测结果和相关信息，严格遵守国家法律、法规和有关纪律要求。

六．服务能力

1） 参选人需具备全转录组测序服务经验和转录组研究分析能力；

2） 具备独立的研发与分析团队，具有多组学整合分析的能力；

3） 具备转录组研究及多组学项目经验；

4） 具备多年全转录组测序服务和多组学数据分析服务的经验，3年内协助客户发表过10篇以上的文章。