宁夏回族自治区疾病预防控制中心组织实施基因测序和引物合成服务项目，该项目已具备采购条件，决定采用询价的方式进行采购，具体事宜如下：
一、项目名称：宁夏回族自治区疾病预防控制中心
2024年基因测序和引物合成服务项目
二、项目内容及要求
基因测序和引物合成服务项目参数如下：

序号	名称	规格	单位	服务厂家	备注
1	引物合成	ULTRPAGE级20D	bP	上海生工
		ULTRPAGE级50D	bP
2	兼并碱基Ⅰ合成	ULTRPAGE级20D	bP	上海生工
		ULTRPAGE级50D	bP
3	探针标记	ULTRPAGE级20D	条	上海生工或指定厂家
		ULTRPAGE级50D	条
4	亚克隆			上海生工或指定厂家
5	序列测定	800BP/反应	反应	昆泰锐或指定厂家
6	毛细管电泳测定	96孔/板	板	上海生工或指定厂家
7	细菌全基因组测序	测序深度100X以上，Q30值大于85%	株	诺禾	文库构建+上机测序+完整基因组拼接
8	细菌全基因组测序（拼接）	测序深度100X以上，Q30值大于85%	株	诺禾	文库构建+上机测序
9	HIV-1病毒耐药一代测序	800BP/反应	反应	1.接受中国疾控中心考核，成绩为优秀的测序公司；2.与中国CDC有耐药检测项目业务的专业测序公司；
10	HIV-1病毒耐药检测服务	病例	个	1.接受中国疾控中心考核，成绩为优秀的测序公司；2.与中国CDC有耐药检测项目业务的专业测序公司；
11	二代深度测序	临床标本：1、二代illumina NovaSeq/HiseqX Ten平台，要求PE150双端测序，PCR free建库、测序、生信分析和最终的分析报告（报告内容根据客户需求而定）；2、Q30≥85%,测序深度大于100X，样本组装的基因组覆盖率超过98%	份	与在研人员协商，共同指定测序公司；
		培养物标本：1、二代illumina NovaSeq/HiseqX Ten平台，要求PE150双端测序，PCR free建库、测序、生信分析和最终的分析报告（报告内容根据客户需求而定）；2、Q30≥85%,测序深度大于100X，样本组装的基因组覆盖率超过99%	株	与在研人员协商，共同指定测序公司；
12	三代深度测序	临床标本：1、Pacbio sequel平台，样本需要分析甲基化情况，单分子全长测序，要求PCR free建库、测序、生信分析和最终的分析报告。	份	与在研人员协商，共同指定测序公司；
		毒株	株	与在研人员协商，共同指定测序公司；
13	流感毒株一代测序	8个片断全序（每个片段至少测序8个反应）	株	与在研人员协商，共同指定测序公司；
		1个片断全序（至少测序8个反应）	株	与在研人员协商，共同指定测序公司；
14	RNA病毒宏基因组测序	1.样品类型：拭子 ，粪便、唾液、血液、肠道内容物等样品。2测序类型：高通量二代测序（包含：病毒RNA提取、建库、测序、数据分析全流程。）3.数据量:6G    4：数据分析：a、数据质控（低质量reads过滤、adaptor过滤、宿主过滤） b 、基因组组装。 c、基因预测、去冗余。d、基因丰度统计：样本基因数目统计、core-pan基因稀释曲线、基因数目差异分析（组间基因数目差异箱图、Venn图/花瓣图）、基因数目的样品间相关性分析。e、物种注释及统计：物种丰度概况、注释基因数目及相对丰度聚类分析、基于物种丰度的降维分析、基于物种丰度的Bray-Curtis距离的降维分析、基于物种丰度的Anosim分析、基于物种丰度的样品聚类分析、组间差异物种的 Metastat分析、组间差异物种的LEfSe分析、随机森林分析，f、功能注释及统计：KEGG、eggNOG、CAZy。g、功能丰度统计：功能相对丰度概况、功能相对丰度聚类分析、基于功能丰度的降维分析、基于功能丰度的Bray-Curtis距离的降维分析、基于功能丰度的Anosim分析、基于功能丰度的样品聚类分析。g、代谢通路比较分析：代谢通路比较分析、代谢通路注释基因数目及差异EC分析。h、组间功能差异的Metastat分析、组间功能差异的LEfSe分析。i、抗性基因注释：抗性基因丰度概况、抗性基因类型的分布及丰度聚类分析、组间抗性基因数目差异分析、抗性基因与物种归属关系利用高通量测序技术得到病毒核酸的片段序列，通过后续生物信息分析，研究病毒的物种分布、相对丰度，以及预测新病毒。		伯杰
15	细菌宏基因组测序	1.样品类型：拭子 、粪便、唾液、血液、肠道内容物等样品。2测序类型：高通量二代测序（包含：细菌DNA提取、建库、测序、数据分析全流程。）3.数据量 10G 4：数据分析：原始数据+高质量数据+基于非拼接序列的物种注释+ 序列拼接+基于拼接序列的物种注释+基因预测+蛋白功能注释+物种组成谱分析+功能水平分析		伯杰
16	转录组测序	1.样品类型 组织、细胞等。2测序类型：高通量二代测序（包含：病毒DNA提取、建库、测序、数据分析全流程。）3.数据量 6G 4：数据分析：细胞在某一发育阶段或功能状态下转录出来的所有mRNA转录组测序能够全面解析mRNA信息，同时获得样本的转录本结构和转录丰度信息探究疾病相关基因结构变异挖掘差异表达基因分析致病机制，从整体水平研究基因表达量以及基因结构，揭示特定生物学过程中的分子机理		用户指定
17	呼吸道病原微生物靶向高通量基因检测	1.样品类型：拭子 ，粪便、唾液、血液、肠道内容物等样品。2.鉴定内容：鉴定临床常见的268种病原微生物、耐药基因、毒力基因包括：革兰氏阳性菌34种、革兰氏阴性菌39种、DNA病毒33种、RNA病毒59种、真菌47种、其他病原体（支原体、衣原体等 ）15种、耐药基因30种、毒力基因11种。3、检测方式：靶向高通量测序		华大
18	呼吸道病原微生物靶向高通量基因检测	1.样品类型：拭子 ，粪便、唾液、血液、肠道内容物等样品。2.鉴定内容：鉴定临床常见的267种病原微生物、90种耐药基因：革兰氏阳性菌40种、革兰氏阴性菌55种、DNA病毒26种、RNA病毒66种、真菌39种、分枝杆菌17种、支原体/衣原体/寄生虫 24种、耐药基因90种。3、检测方式：靶向高通量测序。4数据分析：a、提供原始测序数据。b、病原种类鉴定。c、病原丰度计算。d、耐药基因鉴定。		伯杰

三、服务商资格要求
（一）满足《中华人民共和国政府采购法》第二十二条的相关规定；
1、具有独立承担民事责任的能力；
2、具有良好的商业信誉和健全的财务会计制度；
3、具有履行合同所必需的设备和专业技术能力；
4、有依法缴纳税收和社会保障资金的良好记录；
5、在经营活动中没有重大违法记录；
6、法律、行政法规规定的其他条件。
（二）服务商须提供的材料：
1、有效的营业执照、税务登记证（国税或地税）、组织机构代码证或统一社会信用代码的营业执照；（复印件加盖公章）
2、法定代表人签署的专项授权委托书及授权代理人身份证原件（法定代表人直接投标可不提供，但须提供法定代表人身份证明）；（复印件加盖公章）
3、服务商应出具参加采购活动前3年内在经营活动中没有重大违法记录的书面声明；（原件加盖公章）
四、评分办法：参数符合条件下最低价中标。
五、询价函的回复时间
凡有意参加本项目询价的单位，请于2023年11月7日前，请将报价单及资格要求中所要求的材料（复印件加盖公章）密封送至宁夏回族自治区银川市兴庆区胜利街528号宁夏疾病预防控制中心后勤保障科。
六、询价答疑
如对本次项目及参数有任何疑问请咨询宁夏疾控中心后勤保障科，咨询电话：0951-4085393
采购人：宁夏回族自治区疾病预防控制中心
地  址：银川市兴庆区胜利街528号
联系人：甄伟伟
电  话：0951-4085393
 
 
                      宁夏回族自治区疾病预防控制中心
                               2023年10月31日
附件：宁夏疾控中心2024年基因测序和引物合成服务项目询价公告