广西药用植物园关于“辅助决策知识库”开发服务项目采购的公告（第二次公告）
 
广西药用植物园因科研工作需要，拟对“辅助决策知识库”开发服务项目进行采购。于2024年8月13日发布了采购公告，但因递交响应文件的供应商不足三家，采购失败。现进行第二次采购公告（采购需求有调整），有关事项公告如下：
一、采购项目名称
“辅助决策知识库”开发服务项目
二、预算金额
38万元（含税）
三、采购需求主要内容
在指定的30个权威公开生物医学数据库获取所有数据信息，再将获取到的数据进行清理，整合，转换，最终通过数据库设计、存储与部署，创建形成新的辅助决策知识库，并且基于辅助决策知识库做生物信息学分析。项目在质保期内，若源数据库信息产生更新，则需同步更新至该辅助决策知识库。
四、具体需求参数
1.需要整合超过5万个基因/蛋白信息（包括基因信息，分子通路，分子功能以及蛋白相互作用关系）；
2.超过5000个中药及分子信息（包括中药成分及靶点关系、中药毒理信息、中药肝损伤信息和中药代谢信息）；
3.超过50万个西药/化合物及分子信息（包括西药及靶点关系、化合物及靶点关系，药物肝损伤和药物副作用信息）；
4.超过2万个疾病表型及分子信息（包括疾病信息和疾病-基因关系）；
5.需要结合实体抽取和关系抽取等自然语言处理技术，以及实体和概念对齐，实体映射等知识融合技术，实现生物医学知识的抽取，对齐和融合，形成数据库。
6.具体到各个源数据库包含的实体类型，关系类型以及数据量都有所差别，因此实际数据量无法确定，暂按每个数据库中能找到的数据及数量进行参考。
7. 响应时间：数据库查询响应时间≤5s；
8. 操作系统和硬件平台支持:确保数据库系统能够在不同的操作系统（包括Windows、Ubuntu和CentOS系统）和硬件平台上（CPU内核数量不小于4，内存不小于16G，存储不小于1T）运行。
9. 数据格式和接口兼容性:确保数据库能够处理各种数。据格式和接口，包括但不限于SQL标准、API接口等。
10. 数据库类型：结构化数据库MySQL，其中结构化数据存储到MySQL数据库，格式为.sql文件；非结构化数据以文本形式存储，格式为文本.txt等。

一级类别	二级类别	数据库	数据量（参考值）
基因/蛋白	基因信息	基因数据库NCBI Gene	60000个基因
	分子通路/ 分子功能	分子通路数据库KEGG	305个通路
		分子功能标注数据库COG	4600个COGs
		分子功能标注数据库GO	47000个GO条目
	蛋白相互作用关系数据	蛋白互作数据库STRING11	839000 PPIs（Score>700）
		蛋白互作数据库BioGRID	860000 PPIs
		蛋白互作数据库HI_union	62000 PPIs
		蛋白互作数据库IntAct	7600 PPIs
中药	中药、成分、靶点、疾病及其关系	中药分子信息数据库SymMap	658个中药、24000个成分、19000个靶点、13000个疾病以及它们之间的关系
		中医药百科全书数据库ETCM	1800个草药，37000个成分，1040个靶点以及它们之间的关系
		本草组鉴数据库HERB	6900个中药，47000个成分，12800个靶点以及它们之间的关系
		中药系统药理学数据库和分析平台TCMSP	449个中药，11000个成分，以及它们之间的关系
		中药分子信息数据库TCMBank	8900个中药，59000个成分，13500个靶点以及它们之间的关系
		中药分子靶点数据库HIT2.0	1100个中药，1100个成分，2000个靶点以及它们之间的关系
		中药分子靶点数据库BATMAN	8300个中药，38000个成分，9500个蛋白以及它们之间的关系
	中药毒理	中药系统毒理学数据库TCMSTD	242个中药，4100个成分，210个有毒成分，2300个靶点，以及它们之间的关系
	中药肝损伤	药物性肝损伤专业数据库Hepatox	西药，中药和中成药共600余个
	中药代谢	中药血液吸收成分及代谢物数据库DCABM-TCM	184个中药，1640个化合物以及它们之间的关系
西药/化合物	药物及靶点	药物靶点数据库DrugBank	5200个药物，2100个靶点以及它们之间的关系
		药物靶标数据库TTD	38000个药物，3600个靶点以及它们之间的关系
		配体受体数据库GLASS	51余万化合物靶点关系
		药物分子靶标数据库BindingDB	538000余化合物，2600余靶点以及它们之间的关系
	化合物及靶点机制	化合物数据库ChEMBL	230余万化合物，14000余靶点以及它们之间的关系
		比较毒物基因组库CTD	13000余化合物，51000余基因以及它们之间的关系
	药物肝损伤	药物肝损伤数据库LiverTox	560个药物
	药物副作用	药物副作用资源数据库SIDER	1000药物和920个疾病表型以及它们之间的关系
疾病/表型	疾病信息及分子机制	疾病分子信息数据库SympGAN	17000余疾病表型和18000余基因以及它们之间的40余万关系
		疾病基因关系数据库DisGeNet	12000个疾病和8500个基因以及它们之间的13余万关系
		疾病分子信息数据库OMIM	6200个疾病表型和15000个基因信息
		疾病分子信息数据库MalaCards	18000个疾病及其基因信息

 
 六、报价资料（文件名称格式请命名“辅助决策知识库”开发服务项目报价—xxx公司（xx万元）,按顺序排版PDF，每页加盖公章）。
（一）封面：报价项目名称、报价公司、联系人及电话；
（二）营业执照副本扫描件（原件备查）；
（三）公司法定代表人身份证明，授权委托人的授权委托书及身份证扫描件（原件备查）。企业信誉状况良好，自成立以来三年内无违法记录。
（四）开发服务内容及报价（含税）。
七、报价要求
报价时间：2024年8月21日起至8月26日12:00截止。
报价方式：网络邮箱报价。
邮箱：gxyyzwykybcg@163.com
联系人：0771-5603824  马工
纪检监督电话：0771-5614795 朱老师
八、其他说明
本次采购公告发布后，若满足采购要求的报价文件仍不足三家，将从符合采购要求报价的1或2家中以最低价中标的原则选定1个供应商。
       
广西壮族自治区药用植物园
2024年8月21日