深圳大学 - 竞价公告 (CF105902023000694)
发布时间：2023-10-31 09:25:18 截止时间：2023-11-08 12:00:00
基本信息：
申购主题：藻类基因组 de novo 测序
报价要求：国产含税
发票类型：增值税专用发票
付款方式：货到验收合格后付款
送货时间：合同签订后7天内送达
安装要求：免费上门安装（含材料费）
预算：152,000.00 人民币

收货地址：广东省/深圳市/南山区/****
备注说明：
采购明细：

序号	采购内容	数量/单位	预算单价	品牌	型号	规格参数	质保及售后服务	附件

1

藻类基因组de novo 测序

1/个

152000

illumina

测序及收样：1. 40个工作日内完成4例藻类样本的基因组de novo测序分析服务，具体包括进行30× PacBio HiFi + 100× Hi-C + 60X illumina，每例样本要求先试测数据，评估数据有效率合格后再安排加测，并安排工作人员 上门指导收样。 2. 30个工作日内完成24例藻类转录组测序及分析服务。 3. 30个工作日内完成8例藻类样本全基因组甲基化测序及分析服务。 以上样本基因组大小预估不低于100Mb，不超过500Mb。 在样品无杂菌污染的条件下要求同一藻类样品的甲基化与基因组的mapping efficiency 不低于70%。 分析内容： 1. 采用Hifiasm、Falcon、Canu、Wtdbg2、Nextdenovo等基因组组装软件及Racon、Quiver（Arrow）、Pilon、Nextpolish等纠错软件组装出高质量基因组，以110Mb基因组大小为例，最终结果Contig N50 > 1Mb，Scaffold N50 > 8Mb。 2. 对组装质量进行评估。如BUSCO评估、LAI评估、Merqury评估、CEGMA评估、EST序列评估、RNA序列评估、一致性评估、BAC克隆序列评估。并结合RNA-seq测序进行基因功能注释，转录因子预测。 3. 基因家族分析，系统进化分析，正选择分析，共线性分析，针对物种自身特点，进行个性化分析。全基因组复制分析， 基因家族扩张收缩分析，近缘物种比较，染色体定名。 4. 差异基因分析，可变剪切分析，功能富集分析。 5. 全基因组甲基化水平分析，甲基化 C碱基中 CG, CHG 与 CHH的分布比例 ，基因组的 CG、 CHG和 CHH的甲基化水平分布，甲基化的 CG CHG CHH附近碱基的序列特征分析，染色体水平的甲基化 C碱基密度分布，基因组不同转录元件中的 DNA平均甲基化水平，全基因组差异甲基化区域 DMR的检测，DMR相关基因的 GO和 Pathway分析。 6. 要求数据分析者拥有丰富的分析经验，以第一作者或通讯作者发表过Nature、Science或Cell文章。标准数据分析结果展现项目所有标准分析内容，能互动快速分析，根据要求进行个性化，定制化数据分析。

知识产权：双方确定，本项目不论是单方独立完成或双方合作完成的与合作项目有关的阶段性、最终科研成果及相关知识产权权利归甲方所有。